La famiglia Bagatti è presente a Varedo già dal XVI secolo: Pasino de Bagatis, nel 1530 stipula un contratto di enfiteusi con il Monastero di S. Maria Maddalena al Cerchio di Milano. Dopo la peste manzoniana, la famiglia si trasferisce a Milano nel XVII sec. avviando fortunate attività che porteranno il progressivo accrescimento del patrimonio di famiglia. Contemporaneamente i terreni di Varedo, che includono la loro residenza, subiscono un incremento, grazie ad una politica di acquisizione di nuovi fondi, per un totale di ca. 340 pertiche milanesi complessive. Con la soppressione delle confraternite religiose promossa da Napoleone, i Bagatti, così come molti altri esponenti del ceto borghese legati da contratti di enfiteusi con ordini ecclesiastici, si trovano in pieno possesso di vaste proprietà.

    - 1684 Antonio Boggiari acquista i primi terreni a Varedo, la famiglia è di umili origini comasche e per loro, la villa, rappresenta il raggiungimento di una affermazione economica e sociale. Le fortune dei Boggiari, si incrementano nella II metà del XVII sec., portando Antonio Boggiari a cercare nuovi mercati per estendere il proprio commercio verso Milano ed investire i cospicui capitali accumulati in immobili. I suoi primi terreni a Varedo vengono acquistati da Giovanni Andrea Mariani, rilevandone gran parte dei beni, per i numerosi debiti contratti da questo, e poi dai Villanova e dai Gallina, proprietari di più antica tradizione
    - 1716 muore Abbondio Boggiari e avviene la trasmissione dei beni al fratello Ottavio. Poco prima di morire Antonio aveva vincolato tutti i suoi beni ed immobili tramite un “fedecommesso”, strumento giuridico tipico della società in cui comanda l’uomo, il “pater familias”; il tutto per evitare la frammentazione del patrimonio.
    - 1734 muore Ottavio Boggiari e avviene la trasmissione dei beni al figlio minorenne Antonio.
    - 1803 muore Antonio Boggiari e conseguente trasmissione dei beni al cugino Abbondio (Primo di 5 figli di Donato, fratello di Antonio). Sarà Abbondio, assieme al fratello Ottavio ad incrementare l’attività commerciale avviata dallo zio, riuscendo a raggiungere Genova con l’apertura di nuovi esercizi. A Varedo intanto acquisiscono nuovi terreni comprandoli dalle famiglie Aliprandi e Villanova.
La “casa boggiara” si articola secondo uno schema distributivo trasversale: 2 corpi di fabbrica simmetrici definiscono l’ingresso dalla via “Longa”, attuale Vitt. Emanuele II, verso il giardino che risulta organizzato in maniera rigorosamente geometrica, divisa in 4 aiuole rettangolari, dove trovano spazio piante di agrumi ed altri essenze e statue. Segue il corpo di fabbrica padronale, che è movimentato dalla presenza di un portico centrale, tripartito, leggermente arretrato rispetto ai lati. Il piano superiore si estende planimetricamente, su una superficie minore del piano sottostante conferendo così “leggerezza” all’imponente volume del fabbricato che misura ben 44 metri. La villa sorge a capo di fabbricati rurali già esistenti: una doppia corte si dispone perpendicolarmente al caseggiato padronale, collegandosi al suo fronte minore. Per quanto riguarda il progettista, si ipotizza l’intervento di Giuseppe Quadrio, architetto ed ingegnere.
Nel 1698 Antonio Boggiari aveva commissionato al Quadrio la costruzione della nuova chiesa e della cappella di famiglia a Varedo. In planimetria la villa mostra alcune soluzioni che richiamano il possibile intervento del Quadrio, come la figura dell’ottagono schiacciato dello scalone d’ingresso. E’ però vero che mancano realizzazioni tipiche dell’ingegnere milanese, quale la scala a lumaca da lui per primo sperimentata. La disposizione degli spazi interni è organizzata secondo una gerarchia tipica del tempo, con il portico e il susseguente scalone, che costituiscono gli spazi centrali, dai quali si dispongono gli ambienti di minore grandezza. Verso la vigna, le stanze signorili si susseguono con ampiezza progressivamente maggiore, dai lati verso il salone centrale, creando così un’infilata di ambienti che percorrono l’interno lato lungo della villa. Gli affreschi dei saloni sono di Martin Veronese (Cignaroli). Sarà Ottavio, dopo la morte del fratello, ad incrementare i beni della famiglia, ampliando la tenuta con l’acquisto di nuovi terreni dalla famiglia Odescalchi. Ottavio sposa Marianna Mesmer, figlia di uno dei più facoltosi banchieri milanesi.
    - 1810 Lattanzio Valsecchi sposa Cristina Anelli, vedova di Giuseppe Bagatti e madre del piccolo Pietro.
    - 1824 Lattanzio Valsechhi riceve il titolo di barone non trasmissibile.
    - 1833 Abbondio Boggiari, nipote di Don Abbondio, vende i beni di Varedo, Desio, Pinzano per i forti debiti; gli acquirenti sono Pietro Antonio e Giuseppe Rigola e Luigia Scavini Carabelli.  
    - 1843 nasce Fausto Bagatti Valsecchi.
    - 1845 nasce Giuseppe Bagatti Valsecchi.
    - 1861 Pietro Bagatti Valsecchi acquista i terreni di Varedo; egli acquista terreni e stabili consistenti in 157 pertiche per un valore di 1409 scudi, con atto rogato dal notaio Sormani di Milano.
    - 1864 muore Pietro Bagatti Valsecchi.
    - 1868 il notaio Giovanni Lainati di Milano certifica la suddivisione in due “piedi equivalenti” Piede A che appartiene per metà ai conti Tarsis e per metà all’ospedale di Intra. Piede B che appartiene alla signora Luigia Scavini Carabelli. Per rendere tangibile la suddivisione dell’immobile si pensa di erigere un muro che divide perfettamente in due l’intera proprietà, compresa la villa, anche nei suoi ambienti interni.
    - 1881 (gennaio) acquisizione da parte dei fratelli Bagatti Valsecchi del piede B.
    - 1881 (agosto) l'ing. Domenico Laveni presenta il progetto per il grande viale che collega il giardino a Palazzolo Milanese e si occupa anche della ristrutturazione della villa e degli stabili di servizio.
    - 1881 (ottobre) acquisizione da parte dei fratelli Bagatti Valsecchi del piede A.
    - 1881 (fine anno) inizio lavori alla villa.
    - 1881/1882 l’artigiano Trivulzio, su disegno di Fausto e Giuseppe Bagatti V. realizza gli elementi in ferro battuto. Lavori nella villa: vengono sostituite le cornici di tutte le aperture (finestre, porte-finestre, ingressi principali e secondari) i parapetti delle terrazze e le bugne angolari, tutto utilizzando il cemento come nuovo materiale da costruzione. Viene realizzato tramite uno stampo a “formella” progettato su disegno dei due fratelli, colmato di cemento e poi posato in opera. Si procede con la costruzione del belvedere, in sostituzione delle “scale a vivo” che ai tempi dei Boggiari, conducevano alla “vigna di casa”. Al terrazzo d’ingresso si accede attraverso 4 scale, di cui le prime due, parallele alla villa, immettono ad un piano intermedio comune, mentre le altre, più scenografiche, a pianta semicircolare, sono interposte angolarmente tra la villa e le precedenti. E’ importante sottolineare che i fratelli si avvalgono della collaborazione di numerosi artigiani che mettono a disposizione la loro professionalità, non ancora minacciata dall’industrializzazione, in una molteplicità di interventi altamente specializzati.
    - 1882 dalla demolizione del Lazzaretto di Milano, i fratelli Bagatti V. recuperano del materiale.
    Inizio lavori della ghiacciaia.
    Con il materiale recuperato dalla cella campanaria del convento di S. Erasmo viene costruita la baltresca.
    - 1883 abbattimento degli edifici fatiscenti a ovest della villa, inizio dei lavori di costruzione del muro perimetrale, delle scuderie, della foresteria e del portico con le colonne del Lazzaretto.
    - 1884 inizio dei lavori per la realizzazione del giardino e, nel 1887 in un’illustrazione catastale, il complesso risulta ultimato.
    - 1887/1890 i fratelli Bagatti V. stipulano una convenzione con il Consorzio del Canale Villoresi per la realizzazione di un sifone sottopassante il viale.
    - 1897/1901 ottenimento del titolo baronale da parte di Fausto con trasmissione primogenitale. Rinuncia al titolo in favore del fratello Giuseppe.
    - 1901 nasce Pasino, figlio di Giuseppe e Carolina.
    - 1912 il complesso Bagatti Valsecchi viene vincolato ai sensi della legge 364/1909.
    - 1914 muore Fausto, scapolo e senza figli.
    - 1934 muore Giuseppe; il figlio Pasino eredita tutti i beni.
    - 1935/1942 Pasino concede la possibilità di usufruire del parco alla colonia elioterapica, per i figli dei varedei chiamati alle armi.
    - 1943 un comando militare tedesco occupa la villa.
    - 1940/1945 diradamento e abbattimento degli elementi vegetali del viale.
    - 1946 disposizione di una nuova piantumazione del viale.
Il declino: dal dopoguerra si incomincia ad assistere ad una graduale trasformazione della campagna e del territorio circostante il parco: la coltivazione dei “moroni” (gelsi) per la produzione dei bachi da seta si riduce sempre più, scomparendo quasi del tutto e lasciando spazio a colture intensive cerealicole; nuovi edifici e piccole ditte costellano, molte volte abusivamente, il territorio, spesso deturpando il paesaggio. L’esedra del viale, verso Palazzolo, è completamente compromessa, negli anni ’60, per la costruzione di una palazzina e di alcuni capannoni artigianali. Ciò non sarebbe potuto accadere se il vincolo della Soprintendenza ai monumenti, risalente al 1924, poi rinnovato e ampliato nel 1945, fosse stato esteso, oltre che alla villa e al parco, anche a tutto il percorso del viale, e non solamente fino al canale Villoresi. È per nascondere le “brutture” di un paesaggio in continuo mutamento che, due gruppi di Quercus rubra, uno opposto all’altro, sono stati posizionati ai lati del cancello verso il viale, e che essenze alte e frondose, come i Celtis e gli Ailanthus, lungo la cinta verso ovest, non sono mai stati diradati del tutto.
    - 1950/1959 costruzione della serra ad andamento nord-sud e riorganizzazione di quella ad andamento est-ovest.
    - 1960/1969 rifacimento della serra nord-sud con impianti annessi: commissionata alla ditta Salco di Albenga. Costruzione di edifici abusivi in corrispondenza dell’esedra terminale del viale.
    - 1964 rinnovo del vincolo di tutela ai sensi della legge 1089/1939
    - 1975 autorizzazione della Soprintendenza a trapasso dell’immobile da Pasino Bagatti Valsecchi alla Loco Varedeo, intestata ad Anna Maria Bagatti Valsecchi.
    - 1976 muore Pasino Bagatti Valsecchi e comincia un lento ma inesorabile declino della villa e del parco.
    - 1980/1989 sospensione dell’attività floro-vivaistica iniziata da Pasino.
Progetti per la villa: dopo una serie di alterne vicende, che vedono gli eredi di Pasino progettare degli interventi di rifunzionalizzazione della villa e del parco (residence con appartamenti di lusso, piscina, campi da tennis, garage...) che non vedono però il nullaosta della Soprintendenza, dopo una breve destinazione a casa d’aste, l’intero complesso villa-parco viene venduto nel 1991 alla ditta Tecno di Varedo dell’ing. Borsani.
    - 1996 progetto del Comune di Paderno Dugnano per la sistemazione del tratto di viale di sua competenza, firmato dell’arch. C. Natale.
    - 1998/1999 realizzazione del progetto di risistemazione del viale di competenza del Comune di Paderno Dugnano.
    - 1999/2001 creazione del parco sovra comunale del Grugnotorto di cui l’intero sito fa parte, mantenendo i vincoli originari.
    - 2002 ristrutturazione del tetto della villa.
    - 2011 (agosto) acquisizione della Villa da parte della Fondazione “La Versiera 1718” che ha come socio unico il Comune di Varedo.